E’ da ritenere che fin dal primo progetto fosse prevista una cripta; tuttavia solo verso il 1930 si intraprese l’opera vera e propria. Il locale seminterrato ricavato è grande quanto la navata del Santuario, ma per il momento, viene utilizzata solo la parte occupata dalla cripta, consacrata al culto nel 1932. Particolarmente interessanti sono le due cappelle-diorama, che raffigurano la nascita e la sepoltura di Gesù, con statue artistiche in legno, a grandezza naturale, eseguite dagli artigiani della Val Gardena.
Attualmente la cripta è visitabile solo nei mesi invernali.
